Investigadora de la Dirección de Estudios Históricos del INAH y profesora de la licenciatura de Desarrollo y Gestión Interculturales de la UNAM. Realizó sus estudios superiores en Arqueología en la Escuela Nacional de Antropología e Historia-INAH, los de maestría y doctorado en Filosofía de la Ciencia en la Universidad Nacional Autónoma de México, y los estudios posdoctorales en el Instituto de Investigaciones Estéticas (UNAM).

Ha impartido clases para la actualización docente, así como en la licenciatura en Arqueología de la ENAH. Participó en diversos proyectos de investigación arqueológica en la Ciudad de México y los estados de Jalisco e Hidalgo; así como en el proyecto “Conservación, desarrollo, aprovechamiento social y protección de los conocimientos tradicionales en México” (Compartiendo saberes), del Seminario de Sociedad del Conocimiento-Secretaría de Desarrollo Institucional-UNAM; y en la organización del Archivo Histórico de la Escuela Nacional de Antropología e Historia.

Sus principales líneas de investigación son la Historia de la disciplina arqueológica y antropológica en México, así como la Historia del indigenismo. Es autora de más de una veintena de artículos y capítulos científicos, y dos libros de investigación; y ha coeditado cuatro libros de investigación colectivos. Pertenece al Sistema Nacional de Investigadores en el nivel I; y es miembro de la Sociedad de Historiadores de las Ciencias y de las Humanidades, así como de la red de investigación Interindi (Red de investigadores acerca del Indigenismo Interamericano). Ha sido galardonada con el premio al mejor artículo de historia cultural otorgado por el Comité Mexicano de Ciencias Históricas (2018), la medalla Alfonso Caso (UNAM, 2010), el premio Edmundo O’Gorman (INAH, 2011), y la mención honorífica del premio Alfonso Caso (INAH-2003).

Libros:

• En busca del alma nacional. La arqueología y la construcción del origen de la historia nacional en México (1867-1942), México, INAH (Colección Arqueología), 2018, 389p.
• Los estudios histórico-arqueológicos de Enrique Juan Palacios, estudio introductorio, compilación y selección de textos de Haydeé López Hernández, México, INAH (Colección Historia, Serie Sumaria), 2016, 200p.

Libros (coordinados):

• Fernando López Aguilar y Haydeé López Hernández (eds.), Identidad y territorio entre la Teotlalpan y la provincia de Jilotepec, México, Consejo Estatal para la Cultura y las Artes del estado de Hidalgo, 2016, 336 p.
• Fernando López Aguilar, Haydeé López Hernández y Clementina Battcock (coords.), Entramados en el Mezquital. Treinta años de investigaciones interdisciplinarias del Proyecto Valle del Mezquital, México, INAH (Col. Interdisciplinaria, Serie Logos), 2020, 406p.

Artículos científicos:

• “Clues and Gazes: Indigenous Faces in the Museo Nacional de Antropología”, en Miruna Achim, Susan Dens-Smith y Sandra Rozental (eds.), Museum matters. Making and unmaking Mexico’s National Collections, The University of Arizona Press, 2021.
• “Los indios del Museo Nacional de antropología: una mirada paralela”, Cristal bruñido, Dimensión Antropológica, año 26, vol. 76, mayo-agosto, 2019, pp. 165-194.
• “Ruptura y tradición en las historias de la arqueología. Parte II. De espaldas a los fundadores”, Saberes. Revista de Historia de las Ciencias y de las Humanidades, vol. 2, n° 5, enero-junio 2019, pp. 95-116. Disponible en web: http://www.saberesrevista.org/ojs/index.php/saberes/article/view/152
• “Ruptura y tradición en las historias de la arqueología, Parte I; Ciencia universal y revolucionaria”, Saberes. Revista de historia de las ciencias y las humanidades, vol. 1, n° 4, julio-diciembre 2018, pp. 96-114. Disponible en web: http://www.saberesrevista.org/ojs/index.php/saberes/article/view/109
• “Reflexiones desde la historia de la ciencia para una historia del INAH”, Revista Diario de Campo, Cuarta época, N° 2, mayo-agosto 2017, pp. 63-75.
• "Entre la interdisciplina y el indigenismo: antecedentes y creación del INAH", Antropología. Revista interdisciplinaria del INAH, México, Nueva época, Año 1, N° 1, enero-junio 2017, pp. 6-22.
• “Entre lo local y lo universal. Miradas en torno a la cultura olmeca”, Dimensión Antropológica, Año 23, Vol. 68, septiembre-diciembre 2016, pp. 53-89.
• “Exhibir y resignificar. Reinterpretaciones de los restos arqueológicos olmecas entre los siglos XIX y XX”, Historia mexicana, Vol. LXV, N° 3, enero-marzo, 2016, pp. 1271-1340.

Capítulos de libros:

• “Los ‘otros’ y ‘nosotros’. Reflexiones desde la antropología”, en Víctor Hugo Bolaños, Adrián Espinosa et al (eds.), Temas de cultura científica y tecnológica. Actitud crítica y ciudadanía responsable, México, UACM, 2019, pp. 221-259.
• “Artesanías y cooperativas: estrategias del Departamento de Asuntos Indígenas (1936-1946) para la inserción de los indígenas en el mercado en México”, en Manuel Alcántara, Mercedes García Montero y Francisco Sánchez López (coords.), Historia y patrimonio cultural, Memoria del 56° congreso Internacional de Americanistas (Vol. 14), Salamanca, España, Ediciones Universidad Salamanca-Aquilafuente, 2018, pp. 1268-1280.
• “¿Antiguos, civilizados o marginados? Las miradas en torno al otomí en la primera mitad del siglo XX”, en Fernando López Aguilar y Haydeé López Hernández (eds.), Identidad y territorio entre la Teotlalpan y la provincia de Jilotepec, México, Consejo Estatal para la Cultura y las Artes del estad