La Filosofía ha estado presente en los estudios universitarios desde la creación de la Real y Pontificia Universidad de México, en el siglo XVI, cuando Fray Alonso de la Vera Cruz y otros impartieron cátedra en dicha institución. Las raíces más próximas del actual Programa de Maestría y Doctorado en Filosofía de la UNAM se encuentran en la Escuela de Altos Estudios de la Universidad Nacional de México, fundada en 1910. Su tarea primordial era realizar investigación en el campo de las humanidades y ejercer la docencia a nivel superior. La Filosofía aparece en los planes de estudio de la Escuela de Altos Estudios como un área fundamental entre las disciplinas humanísticas que allí se cultivaban.

En 1924, al crearse la Facultad de Filosofía y Letras de la Universidad Nacional, se le confirió la capacidad de otorgar los grados de Maestro y Doctor en Filosofía. Para ese propósito, se diseñaron programas especiales de estudios de Maestría y Doctorado en Filosofía cuyo objetivo central era preparar al alumno para la docencia y la investigación original. El programa de Maestría de 1924 no era propiamente un programa de posgrado, sino de estudios profesionales, ya que para ingresar a la Maestría sólo se requería haber terminado con éxito el bachillerato; sólo los estudios doctorales constituían en esa época propiamente estudios de posgrado. Más tarde, se instituyó la carrera de licenciado en Filosofía y en 1970 se creó la División de Estudios Superiores de la Facultad de Filosofía y Letras, la cual habría de ofrecer dos grados por encima del título de Licenciado en Filosofía: el grado de Maestro y el de Doctor en Filosofía. En 1979, la División cambió de nombre por el de División de Estudios de Posgrado.

La experiencia en investigación dentro del Departamento de Filosofía de la División de Estudios de Posgrado, así como el método de asesoría personalizada a los alumnos que se venía practicando en dicho departamento desde años atrás, hicieron posible ofrecer en los años ochenta el Doctorado por tutoría. Dicho Doctorado consiste básicamente en la elaboración de una investigación original en algún campo de la Filosofía con la asesoría de tres especialistas en el mismo campo. Este tipo de Doctorado quedó incorporado en el Reglamento General de Estudios de Posgrado en septiembre de 1986 y fue aprobado por el H. Consejo Universitario en la sesión del día 18 de septiembre de 1991.

Por lo que respecta a la segunda entidad académica participante en el Programa de Maestría y Doctorado, el Instituto de Investigaciones Filosóficas, desde hace décadas ha contado con programas de formación de personal académico. Son muchos los estudiantes que han disfrutado de becas para hacer estudios de licenciatura y posgrado asesorados por algún miembro del Instituto y numerosas las tesis de Licenciatura, Maestría y Doctorado en Filosofía que han sido dirigidas por investigadores del propio Instituto. Son también numerosos los cursos y seminarios que han ofrecido los investigadores del Instituto en el posgrado en Filosofía de la División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Filosofía y Letras.

Desde sus inicios, el posgrado en Filosofía recibió el apoyo incondicional del Centro de Estudios Filosóficos que en 1940 fundó el Dr. Eduardo García Maynez. En 1967, dicho Centro adquirió la categoría de Instituto de Investigación y siguió teniendo una colaboración estrecha con la Maestría y el Doctorado en Filosofía que ofrecía la División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Filosofía y Letras. La amplia colaboración del Instituto de Investigaciones Filosóficas con la División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Filosofía y Letras en la formación de maestros y doctores en Filosofía durante las últimas décadas, hace natural que tanto el Instituto como la Facultad sean las dos entidades académicas de la UNAM que participan en el actual Programa de Maestría y Doctorado en Filosofía, el cual empezó a existir el 16 de diciembre de 1998, fecha en que fue aprobado por el Consejo Académico del Área de las Humanidades y las Artes.