Los estudios de posgrado en la UNAM están organizados en forma de programas de carácter disciplinario o interdisciplinario, ofrecidos conjuntamente por entidades académicas conforme a las disposiciones contenidas en el Reglamento General de Estudios de Posgrado y en los Lineamientos Generales para el Funcionamiento del Posgrado de la UNAM. La articulación de las entidades académicas se formaliza a través de bases de colaboración en las cuales se deberá especificar la infraestructura, los servicios, los recursos humanos y el presupuesto que pondrá a disposición del programa cada una de ellas. Las bases de colaboración tomarán en cuenta los lineamientos que establezca el Consejo de Estudios de Posgrado.

En cada programa de posgrado las entidades académicas participantes constituyen un comité académico, el cual es responsable de la conducción y el funcionamiento académico del programa. 

Bajo la conducción del comité académico, los programas funcionan de manera colegiada, mediante la articulación de las entidades académicas, el sistema de tutoría, y una estructura y funcionamiento flexibles.

Organización administrativa

El Programa de Posgrado en Artes y Diseño de la UNAM se encuentra bajo la organización administrativa de la Coordinación General de Estudios de Posgrado de la UNAM a través de un Coordinador del Posgrado en Artes y Diseño, un Secretario Auxiliar para la Coordinación del Posgrado en Artes y Diseño y un Asistente para el área de investigación y desarrollo de procesos y logística. El coordinador organiza la vida académica del programa y da seguimiento a las decisiones del comité académico. 

Cada entidad participante apoya con recursos tanto humanos como materiales a los programas de posgrado. Como parte del convenio de colaboración, la Facultad de Artes y Diseño administra los procesos escolares, y en la Unidad de Posgrado en Ciudad Universitaria tiene presencia con la Secretaría Académica, y en la sede de la Academia de San Carlos se encuentra la oficina de asuntos escolares.

Organización académica 

La selección de profesores para la impartición de las actividades académicas del posgrado está a cargo del Comité Académico, a propuesta del Coordinador del Programa. El Comité Académico recomienda la contratación de profesores a los consejos técnicos de las entidades académicas participantes, de acuerdo con el Reglamento General de Estudios de Posgrado y los Lineamientos Generales para el Funcionamiento del Posgrado.

En la Facultad de Artes y Diseño se imparten los planes de estudio de las maestrías en Artes Visuales, Diseño y Comunicación Visual y Docencia en Artes y Diseño; en la Escuela Nacional de Artes Cinematográficas se imparte el plan de estudios de la maestría en Cine Documental. El Doctorado en Artes y Diseño comparte el plan con las dos entidades universitarias.